香港的兩個最大的教會聯合組織——香港華人基督教聯會及香港基督教協進會亦作出行動。聯會呼籲全港教會在主日崇拜及各項聚會禱告中記念日本地震身心靈均深受創傷者及其家人，執行董事會為表達愛心關懷，已率先為日本大地震及海嘯撥捐港幣20萬元救災，並呼籲全港教會及基督徒，踴躍捐款予香港紅十字會、香港宣明會、救世軍等等單位協助災區救援及重建工作。
香港基督教協進會總幹事蒲錦昌牧師向本報表示，香港與日本基督教協進會關係友好，事發後蒲牧師已去信日協進會總幹事致以慰問。此外協進會呼籲屬下堂會成員積極捐款，此外將特別在本周五晚7時半在九龍佑寧堂舉行「日本國難祈禱會」，為地震、海嘯、核災難中受影響的日本災民禱告。他表示現正聯絡協進會在本港的日語教會，希望能邀請牧者分享感受。
其他宗派性堂會亦緊急發出禱告及籌款呼籲。香港聖公會教省辦事處透露，大主教鄺保羅牧師上周六向港澳教區的牧職人員發函，請各堂周日主日崇拜上特別為日本地震事件禱告，並展開募捐行動，各堂會的善款將送交聖公會的「大主教世界援助基金」用以支援日本聖公會在重災區的賑災工作。除此以外亦有不少堂會自發禱告會，為日本守望祝福。
香港浸信會聯會總幹事徐彼得牧師透過網站每周代禱欄目，呼籲屬下堂會「為日本9級地震海嘯受災居民獻上禱告，求主安慰受傷及痛失親友的災民，祝福救援工作及各教會、浸聯會有效施救，見証主愛」。總幹事辦事處職員亦透露浸聯會就日本地震的其他回應行動正在商議中，詳情將容後向屬下堂會發放。
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