貼身事奉基層人士的工業福音團契亦面對缺乏教會支持的情況，總幹事余妙雲認為，基層事工不單是機構的事情，更是今天被教會忽視的使命。
「教會在工福事工的參與上可分幾個層面。教會奉獻方面，在香港過千間教會裡，有接近100間教會奉獻；但是在實際上項目性合作的話，在一年裡有超過50間教會合作，如探訪、搞社會活動、做義工等，但長期性合作的話，只有7間教會有超過一年的合作，看到真的不多。」她認為教會需要參與更多，因為這是神的心意。
「我們所接觸的教會裡，很多不懂得怎樣做基層工作，覺得機構做得很好。但機構的能力實在有限：在我們機構有30同工，但面對的是數百萬的人，真的不能獨力面對這樣的需要。」
實現美麗的天國圖畫
以多年的基層事工經驗看，教會在傳福音給貧窮人的使命上所做的足夠嗎﹖余妙雲覺得並不足夠。
「教會關心社會的責任是不能推卸的，教會不進入社區的話，要貧窮人信主是很困難的。以賽亞書第61章講福音要傳給貧窮人，第65章裡描述了新天新地，是禱告蒙應允、作工得工價的場景，是很美麗的圖畫。今天我們盼望人得平安、需要得滿足、人與人之間互相關心、沒小孩子夭折，沒有人貧窮、饑餓、老年人有尊嚴，今天當以賽亞先知講出神的心意，會否是我們的將來﹖
我們今天唸主禱文：願你的國降臨，願你的旨意成就在地上，如同在天上…今天我們面對千瘡百孔、充滿問題的世界，作為教會和信徒，我們的目標在哪裡﹖如何讓神的國降臨在地上、如何出現在地上﹖
今天神設立教會作鹽作光，我們要把夢想實踐出來。如何讓城巿轉變﹖真的需要教會的關心。以賽亞書1章說：神喜悅的不是禁食，而是關懷貧窮人；我們要關心貧窮人的需要，這是神的心意，要將福音廣傳給貧窮人。
太10章耶穌說，把一杯涼水給最小的人，在天上會有賞賜；憐憫貧窮人，像施在耶和華身上。今天我們若不遵行這話，將福音和物質分給貧窮人，我們達不到神給的使命。」
今天教會失去城巿宣教使命
那麼教會在這方面是否失去他們使命呢﹖
「我覺得是沒有看清楚使命，針對性、有焦點式地看看教會在地上和在城巿中要做什麼，去改變、轉化城巿的人。教會存在的目的是什麼﹖不是建高大的建築物，而是在社會上起化學作用。城巿宣教學裡，教會存在在城巿中，如何讓城巿中很多失去信、望愛的人得著耶穌，得到生命的改變﹖教會不是單數算有多少增長，即使教會有很多增長，但如果是沒有基層人、貧窮人在裡面，對城巿改變是很有限的。增長是什麼﹖難道是弟兄姊妹從外地回來，又或是從別的教會轉過來嗎﹖不，是城巿的改變，因著耶穌目睹喜樂平安，願意加入教會。」
「如果教會與在地上所處的環境失去關係，只是用來聚會的，應該有所反省。」
大教會每次收取奉獻數十萬，卻比小教會更吝嗇
對基層事工在資源上的困局，余妙雲稍稍計自了一下，發現教會只要付出一點點，供應全港基機構已是綽綽有餘。
「香港的每間教會每年為基層收一次奉獻，對整個基層幫助多少﹖全港1,200間教會，每間教會平均大概300人；香港有約30萬返崇拜，每信徒付出100元就已經有3千萬，足夠供應很多基層需要。」以工福為例，工福算是中至大型基層福音事工，每年需要的奉獻只為400萬，以10多個基層福音機構為例，3千萬已對基層機構的幫助可說是非常巨大。
但余妙雲表示，經濟能力較低的小教會的參與比大教會更多。「我很欣賞小教會，不要求要多少錢，大家一起做；但我覺得很多大教會有很多錢，他門一堂的奉獻可能有幾十萬，但他們對基層事工關心不多，這些應該拿出來，小教會亦應有人去關心，機構更是。」
後記：與余妙雲談起基層的福音事工時，充滿喜、怒、哀和樂。令人喜樂的是令憂傷的心靈重展歡顏；哀怒的是今天不少教會丟掉神給予教會的使命，對社會基層的需要無動於衷。今天她藉以賽亞先知的話，希望教會重拾城巿宣教使命，向貧窮的、傷病的、失去盼望的人伸出援手，以實踐的愛宣揚基督的名，讓天國真正降臨在地上！
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