據台灣《論壇e報》和聖光神學院等多方消息瞭解，目前聖光神學院、台灣世界展望會及兒童福利文教基金會等已經啟動相關計畫在災區進行心靈康復事工，幫助他們走出傷痛。
聖光神學院啟動「聖光88救災專案」 高雄市聖光神學院表示，對此次受災民眾的認識，不只是從廣播、電視、傳媒得來，更是我們親眼所見、親手所觸摸的骨肉之親。災難中，基督徒更要活出耶穌基督的信仰——「激發愛心、勉勵行善」，聖光神學院特別啟動「88救災專案」計畫幫助受災最嚴重的高屏地區災民的心靈康復。
聖光神學院方麗慧牧師表示，現階段要把握關鍵時機進行心靈輔導的訓練，包括如何安撫災民朋友的情緒，好讓災民朋友一開始就知道自己不是孤單無援，會有人陪伴一起走過。方麗慧表示希望透過「88救災專案」，整合眾教會成為一股力量，持續培訓災後心靈輔導志工，並根據此次經驗擬出一套危機處理步驟，往後若遇到需要大批受訓志工的協助，也將成為連結人力的網絡中心，以便在類似需要中提供適當的幫助。
此外，聖光神學院第一次災後心靈重建輔導員培訓已於8月18日舉行。
展望會兒童關懷中心成立兒童關懷中心
台灣世界展望會會長杜明翰17日表示，展望會已在台東太麻裡嘉蘭村及屏東縣佳冬鄉等地成立兒童關懷中心，也規在旗山、六龜及嘉義阿里山繼續建置兒童關懷中心，透過生命教育課程傳遞主愛，安慰受災童受創的心靈。杜明翰表示，展望會希望所服務每一個地方都能成為福音的據點，他也懇請眾教會及弟兄姊妹為這次所有參與救災的團體代禱，求神保守他們成為有愛心、耐心及專業的合一事奉團隊，除了提供救援服務，讓災民脫離肉體的困境之外，也能成為福音的出口，讓更多人同得福音的好處。
兒童福利文教基金會啟動「兒盟家庭重建計畫」
兒童福利文教基金會執行長王育敏則表示，兒盟已在嘉義、台南、高縣、屏東及台東等主要受災縣市啟動「88水災喪親及受災兒童家庭重建計畫」，陪伴受災童安撫情緒外，並提供經濟援助及心理諮商，支援其家長能夠沒有後顧之憂地去進行家園重建。
