11名学生家长和美国民权联盟共同提出的起诉书声称，多佛学区的这种做法等于是在公立学校传播宗教，违反了美国政教分离的原则。但学区委员会一方则指出"智能设计论"不是宗教，而是一种科学理论，学区只是让学生知道有这样的一种学说。
"智能设计论"又被一些人称为"新达尔文主义"。该理论认为世间生物的构造复杂而奇妙，并且在很长一段时间都没有再进化，因此并非经过自然选择的产物，而是由某种超级智慧设计而成。
"智能设计论"得到了来自科学界及基督教界的支持。许多基督徒认为"智能设计"理论相对正确地阐述了世界的起源：与进化论不同，"智能设计"理论认为生命不是出于偶然，而是存在著某个特定的创造者，他们相信，这个创造者就是上帝。而一些科学家则指出，达尔文进化论没有确凿的证据，只是一种假说，而细胞的精妙构造绝不可能是偶然产生的。Lehigh大学生化副教授Michael J. Behe1996年在《纽约时报》发表文章指出，达尔文的进化论不足以解释生命的起源，在显微镜下所观察到的细胞结构显示这必定需要某种智慧的创造。
但反对者则表示，"智能设计论"实际上是改头换面的神创论。美国科学促进会、国家科学教育中心都表示"智能设计论"会使学生混淆宗教和科学，另有38名诺贝尔奖获得者联名提出对该理论的批评，不过这些诺贝尔奖获得者中并非所有人都是科学家。
"智能设计论"的支持者正在全美国几十个州要求将该理论加入公立学校教学，让学生有更多的选择。本月早些时候，堪萨斯州教育委员会将"智能设计论"加入新的教学大纲草案中，而宾州多佛学区的诉讼则是联邦法庭审理的第一起有关"智能设计论"的案件。该案件的结果将对"智能设计论"的未来产生重要影响——如果家长胜诉，"智能设计论"未来将很难再进入公立学校的课堂；反之，美国则可能有越来越多的学区将"智能设计论"加入学校课程。
