亨廷顿被认为是美国最具有影响力的政治思想家之一。他生前的好友、哈佛大学荣誉退休教授亨利·罗索夫斯基说，全世界的人都在研究和讨论他的观点，他显然是过去50年中世界上最有影响力的政治学家之一。"他的每一本书都具有不可低估的影响力。" 罗索夫斯基说，"他的一些说法已经成为我们的日常词汇。" 比如"文明的冲突" —亨廷顿在1993年铸就的这个词，9·11之后成了我们这个时代使用频率最高的日常词汇。
他生前参与编写了17本书，还撰写了90多篇学术论文，其中最著名的即是1996年出版的《文明的冲突与世界秩序的重建》，已经被翻译成39中语言出版。
在书中，亨廷顿认为在冷战后的世界，文化和宗教的差异而非意识形态的分歧将导致世界几大文明之间的竞争和冲突。其中他特别提到基督教文明与伊斯兰文明的冲突，而且说到基督教文明如果不警醒，那么几十年内将会面临被伊斯兰文明打败的危险。这一观点在基督教、学术等各界引起广泛辩论和争议，特别是在"9·11" 恐怖袭击发生后，亨廷顿的文化冲突论更是引起关注。
