日本基督教界也对此表示抗议，其中日本国家基督教协会的Seiji Suga牧师说："小泉首相践踏了日我们尊重和平与人民主权的愿望。"
日本国内最大新教团体之一的日本浸信会议（Japan Baptist Convention）主席Hitoshi Taira牧师本月13号也曾经表示支持大阪高等法院上月的裁决。他说："宗教自由、政教分离是所有人权与和平的保护壁垒。当这些被破坏的时候，其他各种形式的人权都会被花言巧语所侵犯，和平也会被破坏。"
这是小泉自01年4月份上任以来第5次参拜靖国神社。虽然日本大阪高等法院上月曾裁定：小泉参拜靖国神社违反宪法中政教分离的原则，但裁决不能阻止小泉继续参拜。
此举更带来二战受害国南韩与中国的不满。南韩外长潘文傅传召日本大使表示"深切遗憾与失望"。中国外交部发言人孔泉也对此指出，小泉的参拜行为没有遵守对中国人民、亚洲人民及全世界和平爱好者的承诺。中国《人民日报》的社论称小泉的举动是"对人类良知和国际正义的挑战"。
小泉参拜靖国神社的第二天，日本各大报纸就纷纷发表社论作出谴责。其中《日本经济新闻》表示此举势必严重损害日本与其他国家的信赖关系。
