该机构表示，性别研究中心在同性恋议题上一向鲜明地站在支持立场，但作为公众对学术研究寄予厚望，要求能作出不偏不倚并能反映实际情况的报告。
机构指出，该研究的四种研究方法包括电话访问、焦点小组、咨询专家意见以及举行三场公众研讨会等均出现严重立场偏向或明显的盲点。首先是中心的研究以"立法的可行性"为前提而不是研究立法是否必需，其支持立法的立场已相当明显。此外研究亦未为"歧视"下定义，容易被随意诠释。
此外他们的三场公开研讨会上嘉宾主讲时间多、公众发言时间极少。更令人吃惊的是首场公开研讨会上全数嘉宾均对立法持支持立场，另一方意见欠奉，向公众咨询的诚意惹人质疑。
其他的问题亦包括他们的焦点小组竟不避嫌透过同运倡议组织邀请性小众做研究对象，只听"原告"意见，欠缺"被告"的声音，安排欠公允。
团体质疑整个研究方法严重地向性小众倾侧，未能公平和公正地对待持不同意见的人士，令人失望，认为难以服众。
