据保加利亚官方媒体BTA报导，怀疑属于施洗约翰的骸骨被装在一个石质圣骨盒里，在一个建于公元十一世纪的修道院的圣堂地下被发现。考古学家Kazimir Popkonstantinov在保加利亚东正教会主教们及保加利亚国家历史博物馆主任的见证下，打开了圣骨盒，发现内藏一副头骨、手臂部分的骨骼和一颗牙齿。
据保加利亚东正教会网站消息，虽然目前仍然需要进一步测试，但是考古学家已颇为肯定这些遗骸是属于施洗约翰的，因为圣骨盒上刻有"6月24日"的希腊文字样，这正是基督徒庆祝施洗约翰诞生的日子。
考古学家Popkonstantinov向当地媒体表示，发现施洗约翰骸骨的修道院曾经以 "Sveti Ivan" 为名作奉献礼， "Sveti Ivan" 在保加利亚语及其他斯拉夫语中的意思正是"圣约翰"，相信与施洗约翰有关。
梵蒂冈考古委员会总监Fabrizio Bisconti接受CNN采访时表示，委员会暂时不会就发现作出任何评价，尚要等待进一步的研究，包括人类学方面的分析。另外，他相信，全世界曾经出现过上千个怀疑属于施洗约翰的遗骸，而梵蒂冈考古委员会一般亦不会干涉在意大利之外的考古研究，所以也并未与保加利亚方面联络。
施洗约翰是《圣经》新约中的一位非常重要的先知，在耶稣基督开始传福音之前在旷野向犹太人劝勉悔改，并为耶稣基督施洗。施洗约翰就是"预备主的道，修直他的路"的人。耶稣基督亦说过："凡妇人所生的，没有一个兴起来大过施洗约翰的。"据《圣经》记载，施洗约翰最后因公开批评希律王与希罗底的结合，在希罗底女儿的怂恿下被希律王杀害。
事实上，地中海地区的许多国家都曾声称拥有施洗约翰的遗骨，其中包括土耳其、黑山共和国、希腊、意大利和埃及。
然而，据这次发现遗骸的保加利亚考古学家Popkonstantinov分析，由于黑海南部海岸曾经属于东罗马帝国领土，受拜占庭（古罗马城市, 今称伊斯坦堡）所统治，因此这些施洗约翰的遗骨可能是由当时的君士坦丁堡教堂奉献给修道院的。位于伊斯坦堡的杜伯奇皇宫博物馆，就是其中一个声称有收藏施洗约翰遗骸的地方。
