他在一個由基督徒學會及天主教正義和平委員會舉辦名為「從維權到宗教自由．與方舟教會弟兄分享會」上，與另一名會友張前進分享了北京方舟教會的情況。
據張前進述，方舟教會不願放棄信仰原則而選擇不向政府註冊，因而在今年一月兩次被公安搜查。然而他們堅信「奉上帝之名聚會」是他們的權利。一些熟悉法律工作的會友向公安抗辯，表示公安打擊信仰自由的行動實屬違法。
余杰認為這做法恰當，令教會能在合乎中國憲法的情況下實現維權。他又表示方舟教會信徒為幫助各地家庭教會，亦曾走訪河南、安徽、東北等地分享維權經驗。
張前進又表示，方舟教會現時亟需要屬於自己的地方以避免公安的滋擾。
余杰剛在港參加由民陣主辦的「七一大遊行」，他表示希望見到中國將有自由集會的一天；在6月份他亦曾到白宮會晤總統布殊，分享中國宗教自由的現況。
