作為千年來首位非歐洲籍教宗，方濟各出身拉丁美洲，同時也是首位來自南半球、首位耶穌會出身的教宗。這位服侍天主教教廷12年的宗教領袖，其政策立場引發諸多爭議。
同性戀立場引發神學爭議
首先最令福音派囑目的應算是教宗方濟各為同性戀者祝福的立場。他任內多次公開表示，同性戀者與跨性別者不應被社會排斥，強調若有同性戀者懷著善意尋求主，教會無權論斷他們。在2016年梵諦岡發佈的《愛的喜樂》（Joy of Love）文件中，更一度提及同性戀者有其「獨特的恩賜與貢獻」，甚至稱同性伴侶間的相互扶持是「值得尊敬的犧牲」，不過這些表述最終未被納入正式版本。
梁永善牧師表示，教會可以「接納」同性戀者，但不等同於「認可」同性戀行為。他認為《羅馬書》1:26-28經文表明聖經明確反對同性戀行為。「婚姻乃神聖之約，是一男一女在神面前所締結的終身盟約，這是基督信仰核心教義。」梁永善牧師直言：「同性戀行為明顯不符合聖經所啟示的神聖心意，教宗公開為此類關係祝福，實有違信仰原則。」再三表明無法接受此立場。
未為受壓迫者發聲
梁永善牧師進一步指出，教宗在一些國際事務上未有堅守公義立場，比如在俄烏戰爭問題上，方濟各從未公開譴責俄羅斯入侵烏克蘭的不義行為，反於去年3月接受瑞士媒體採訪時建議烏克蘭舉白旗與俄羅斯談判。他認為結束戰爭需要相方面談判，質疑此做法是否站在公義一方。
此外，他認為真正的宗教領袖應當站在受壓迫者一邊，歷史有不少先例：1989年波蘭團結工會運動期間，若望保祿二世堅定支持民眾反抗蘇聯；南非種族隔離時期，屠圖大主教公開為人權發聲；1986年菲律賓人民力量革命中，馬尼拉大主教辛海綿積極參與推翻馬可斯獨裁政權。他認為反之，教宗方濟各在一些明顯不公義的事上選擇沉默，與歷代宗教領袖捍衛正義的做法形成鮮明對比。
中梵建交政策：信與不信同負一軛?
梁永善牧師認為教宗任內最具爭議的政策莫過於推動中梵建交。中國政府一貫主張自行任命主教，不接受梵蒂岡的指派。2018年梵蒂岡與中國簽署《中梵雙方關於主教任命的臨時性協議》，承認中國當局自行任命主教的權力，他認為教宗的原意是好的，但這做法削弱了教會內部的互信。
他又認為教宗在此問題上有所妥協，為換取與中國建交的機會而犧牲宗教原則。2020年香港樞機主教陳日君專程赴羅馬，欲表達對中國宗教問題的關切而未獲教宗接見，梁永善牧師認為這也是一種讓步。他引用哥林多後書6章14至18節基督徒與非基督徒原不相配，不能同負一軛」的原則，認為梵蒂岡與不信的無神論政權的合作並不相宜。
世人的紀念轉瞬即逝，唯有神的真理永恆不變
教宗離世，全球悼念。梁永善牧師引用詩篇103篇14至16節的經文：「因為他知道我們的本體，思念我們不過是塵土。至於世人，他的年日如草一樣。他興旺如野地的花，經風一吹，就歸無有，它的原處也不再認識它」，提醒信徒世人的紀念轉瞬即逝，唯有神的真理永恆不變，他呼籲信徒在此時刻更應回歸聖經真理，方能獲得真正的屬靈啟迪。
