首先，由于缺乏培训，不少教师知识水平低，，一些信徒被逼在未接受训练、信心不足的情况下承担此工作。一些教会、特别是西北地区出现"混龄上课"现象，竟出现同一班里3岁至13岁的学生同时上课的情况。证主记录了一位曾在乡村执教的主日学教师的话："我教一个大班，但孩子们不稳定的出勤率、喧哗的课堂、进进出出的狗和学步的婴儿，常使没有教学经验的我感到灰心。"可见主日学情况的混乱和困难。证主认为教师急切需要基本的教学法，如教室管理、提问法、诗歌与游戏教学等。
此外不少教会老师人手短缺，一些乡镇教会因年轻人都出城打工，事奉人手变得更不足，年轻教师缺乏。一农村教会主日学事工9年来都由两位50岁老姊妹一力支持，而且教导学生人数达50至60名之多。
一些贫穷地区缺乏主日学教材不在话下，内地缺乏儿童学习圣经的材料是根本的问题。不少老师自制教材、或从网上下载或相传零散材料，未能应付庞大教学需要；即使有购买教材的渠道，不少教会亦难以负担。
场地方面，一些农村教会地方不足，难以提供主日学分班所需要的空间，教会被逼混龄教学；此外由于一些教会领导对主日学的重视不足，亦令主日学未能分配足够地方。
孩子是的教会未来。随著中国大陆信徒人口膨胀，儿童主日学事工也是非常逼切的事。
