香港的两个最大的教会联合组织——香港华人基督教联会及香港基督教协进会亦作出行动。联会呼吁全港教会在主日崇拜及各项聚会祷告中记念日本地震身心灵均深受创伤者及其家人，执行董事会为表达爱心关怀，已率先为日本大地震及海啸拨捐港币20万元救灾，并呼吁全港教会及基督徒，踊跃捐款予香港红十字会、香港宣明会、救世军等等单位协助灾区救援及重建工作。
香港基督教协进会总干事蒲锦昌牧师向本报表示，香港与日本基督教协进会关系友好，事发后蒲牧师已去信日协进会总干事致以慰问。此外协进会呼吁属下堂会成员积极捐款，此外将特别在本周五晚7时半在九龙佑宁堂举行"日本国难祈祷会"，为地震、海啸、核灾难中受影响的日本灾民祷告。他表示现正联络协进会在本港的日语教会，希望能邀请牧者分享感受。
其他宗派性堂会亦紧急发出祷告及筹款呼吁。香港圣公会教省办事处透露，大主教邝保罗牧师上周六向港澳教区的牧职人员发函，请各堂周日主日崇拜上特别为日本地震事件祷告，并展开募捐行动，各堂会的善款将送交圣公会的"大主教世界援助基金"用以支援日本圣公会在重灾区的赈灾工作。除此以外亦有不少堂会自发祷告会，为日本守望祝福。
香港浸信会联会总干事徐彼得牧师透过网站每周代祷栏目，呼吁属下堂会"为日本9级地震海啸受灾居民献上祷告，求主安慰受伤及痛失亲友的灾民，祝福救援工作及各教会、浸联会有效施救，见证主爱"。总干事办事处职员亦透露浸联会就日本地震的其他回应行动正在商议中，详情将容后向属下堂会发放。
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