此是首次中台基督教举办同类论坛，但如此"盛会"却缺台湾最大教团长老教会及代表大陆大数基督徒的家庭教会成员，代表性受限。
台湾最大教团台湾基督教长老会一向坚持不与大陆三自教会来往，但此次"论坛"在缺其席位之情况下以"台湾教会"之名举行无疑激怒了他们。
"论坛"闭幕翌日，长老教会及大陆家庭教会在30日共同召开新闻发布会，指中国三自教会藉"两岸交流"为名在台湾实行"统战"为实，呼吁中国政府承认中国家庭教会存在的事实，尊重基督教信仰的正统性，还家庭教会与信徒自由与合法地位，又呼吁出席"论坛"的台湾教牧在与中国三自教会往来方面适可而止。
三自代表论坛发言不提家庭教会
今次大陆方面，由全国两会主席傅先伟率领精挑的87人团队参加，当中包括大陆各省神学院及三自教会人士。与台湾方面则有周联华、周神助、邝健雄、魏悌香、顾其芸、张茂松、萧祥修等160多名教牧人士。
大陆代表在会上报告了大陆教会、神学教育、社会服务、基督教媒体事工等成果，均环绕三自管辖的范围，未提家庭教会及三自两会以外的基督教事工。傅先伟长老接受《今日基督教报》的访问时亦明言目前大陆基督徒约2300多万，明显未将倍数于此的家庭教会信徒计算在内。
"论坛"讨论重点在城市教会的牧养、职场见证与社区服务等，傅先伟指他表示此行的目的是了解台湾教会传福音及牧养的途径，又让台湾教会了解大陆教会的现状，促增进彼此互信及未来的交流，又表示"希望福音可以在大陆更快传播"。
各界媒体对"论坛"评价回异
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对于今次两岸论坛，作为主办方角色的蒲公英希望基金会属下的媒体《今日基督教报》无视台湾教界的反对声音，完全正面报导了此次论坛，更予以高度评价为"由大陆基督教两会和台湾教会首次共同举办的活动，更是两岸基督教交流、合一的重要历史里程碑"。
而三自两会官网"中国基督教网"亦将论坛写成"两岸基督教交流历史上具有开创意义的一件盛事"。
但作为台湾长老会之口、历史更悠久的《台湾教会公报》却不以为然，早在"论坛"前夕已连番发表串报导及评论文章。
《公报》报导，该论坛由蒲公英基金会董事长魏悌香牧师，与其他教派牧长及中国基督教两会共同举办，而收到邀请函的长老教会的部份牧者因请示了长老会总会。结果，总会总干事林芳仲牧师表达了清楚的立场，表示长老教会于1991年首度接触两会至今认为"两会"是"以宗教名义统战台湾的政治活动"，因此晓谕"长老教会牧长不宜接触，若要接触，应该要以普世教协的国际场合，或是有第三国教会在场时接触两会。"
长老会更同时通过发出两封牧函，分别是《台湾基督长老教会对两岸基督教会论坛之牧函》、《台湾基督长老教会对"台湾民政府"之主张》，牧函指出"不能漠视家庭教会存在的事实"、"记念不畏惧中共政权，坚持信仰良心而受迫害的许多中国基督徒"，结果在今次论坛上出现长老会教会领袖缺席的情况。
代表性、认受性受质疑
在论坛27日议程结束之后，对华援助协会（ChinaAid）也发文抨击，认为"两岸基督徒的交流要建立在纯正信仰的根基上"，但此次论坛只有与三自埋堆的教会参与，认为"论坛"不具代表性。。
现于美国的基督教评论人曼德亦表示运作论坛的教牧人员主要属蒲公英希望基金会组织，但只算教界小部份，而在台湾历史悠久的长老会教会则未有代表参与，认为台湾大多数教会被排斥在外，亦认为论坛欠认受性。
2010年8月 中国官方发布的《宗教蓝皮书》指中国的基督徒人口估计有2305万，但不少来源估计家庭教会的人数远远超出这数字，认为是三自教会的两倍甚或三倍。
