华人科学家梁斐生博士近日撰文《从基本学术规范看"方舟发现"》，对挪亚方舟国际事工及影音使团探索队伍发现疑似圣经记载的"挪亚方舟"的巨型古木结构的声称及治学态度表示质疑，文章引起挪亚方舟国际事工及影音使团强烈反响，并于14日发表声明，指梁博士言论为"恶意中伤和抺黑"，并对"使团"和"方舟事工"造成损害。15日梁博士再于一讲座上澄清论点，并促请有关机构真诚的面对理性护教及真诚的分辨是非。梁斐生博士为科学家，同时为前加拿大国防部高层。他提早退休，并在近年开始在香港及各地举行布道会。
在《从基本学术规范看"方舟发现"》一文中，梁博士指出在学术界造假的学术不端行为屡见不鲜，其背后动机为一己谋私利，或是学术不端、急左韺Q或经济利益等推动。他又表示在基督教圈子里亦曾有滥用考古学宣布惊世发现的例子，包括美国的业余考古学家怀亚特(Ronald Wyatt)宣布发现挪亚方舟、刻有十戒的石头、红海海底的法老战车等，并得到土耳其外交部、内政部等支持，却得不到专业考古学家支持的例子。
他引用学者Robert R. Cargill 所发表〈有关滥用考古来传播福音〉一文提出的质疑来表达他的忧虑。该文评论挪亚方舟国际事工宣称发现方舟："一个福音派组织开展其推广活动，希望引领人们归向基督教，和销售DVD，购买主题公园门票，到展馆参观的门票，却故意绕开他们知道会暴露其胡言乱语，阻止其启航的学术圈子……这是最近几十年来最震惊，最有预谋，大胆和不负责任的误用考古学"。梁博士认为这些问题的确值得在主前安静反思。
他认为多年来有不少人宣称找到方舟残骸，孰真孰假不得而知，因此需要有大量考古的印证。有关方舟的"使团"和"方舟事工"，他认为使团的宣称不恰当，因为宣布"99.9%确定"的惊世宣称之前，有必要公开展示所拥有的科学鉴证的证据，并遗址的确实地点等等，但使传在资料未能公开、或未完全确实之时就作出宣称，他认为此是不负责任的做法。他又表示："『疑是』和『确认』之间这层窗户纸，没有铁证，就不能捅破。"
据报导，在15日的一场讲座上，梁博士表示影音使团在04、07年及08年中分别宣称找到方舟，然而三次均为不同的地点，令他开始生疑，认为使团有责任交代清楚数次发现的详情。此外他表示使团称巨型木结构的碳十四验检由一伊朗大学进行，但他向使团要求得到该报告未果，认为此重大发现有必要有更多大学进行验证。
梁博士的文章在教内报章刊出之后，影音使团反应强烈，并于14日发表声明，指责梁博士以过去科学界、考古机构、并业余考古学者等造假事件推论"方舟事工"的发现造假，并指梁博士严重指控"事工"背后动机涉及谋利，认为梁博士所发的是诽谤性言论。声明又解释他们与合作的专家和伙伴并土耳其政府有协定不可随意发放太多资料，因此未能满足梁博士查看科学鉴证资料的要求。
"发现方舟"的事件在香港教内引起很大的反响。早在今年5月底教内有关注组织举行了研讨会，邀请多位来自不同神学院及教会的学者和牧者，包括曾参与考古研究的教授从考古、释经和布道见证等方面探讨事件。学者多担心大胆假设后缺乏小心求证、严谨考古的精神，亦有忧虑若用发现未完全证实、疑幻疑真的"方舟发现"来举行布道会会勺销所传的信仰，失落信仰本质。
