而在退休之後，熱愛教學並曾在中國大陸教學七年的陳日君表示，希望每年有一半時間前往大陸教書。據《蘋果日報》報道，陳主教稱「教書最實惠，在香港教書不易專心，好多會要開，又要應酬，又要聽電話，在大陸可以專心。」
陳日君主教2007年1月便滿75嵗，按羅馬天主教廷的規定，他需向教廷提出辭呈，由教廷決定是否延續他的任期。如若任期不再延續，他將在一年後正式退休離任。而在繼任者方面，即將退任的主教一般會提交三人以上的候選主教名單供教廷考慮，教廷則將諮詢駐當地教廷代表、當地具代表性的教會團體及其他教會人士以決定人選，最終確定的人選也不拘於得到主教提名的人士。
據報導，天主教香港教區社會傳播主任容若愚9月19日證實陳日君主教將在明年1月向教廷提出退休，此前，陳主教也多次表達過退休的意願。容若愚說，香港教區是否挽留陳日君要由梵蒂岡決定，但他相信很多教友都接受陳作為主教，因為他對弱勢社群十分關顧。
聽到陳日君將申請退休的消息，同為天主教徒的香港立法會議員余若薇讚揚主教在任内身體力行，體現天主教宣揚的公平、正義和仁愛，另一名教徒李柱銘則表示，估計教廷會挽留陳日君。
陳日君1932年1月生於上海，1961年任神父，先後獲得神學碩士及博士學位。1978年至1983年，他擔任慈幼會會長，1989年至1996年間前往大陸神學院任教。1996年10月，他被任命為天主教香港教區輔理主教，並在2002年胡振中樞機主教去世後接任香港教區主教至今。
陳日君曾在居港權、基本法二十三條、校本條例、七一民主遊行等議題上對香港特區政府以至中央政府提出批評。他從1998年起不再踏足中國大陸，直至去年4月底才首次以主教身份前往上海作三天私人訪問，今年3月則與香港其他五大宗教領袖一起訪問廣州。《大公報》報導說，陳日君對傳媒表示最希望在任内解決校本條例的爭拗，而教會計劃就此在本月28日前提出司法覆核，指條例違反《基本法》。他更指出就算教會敗訴，也會繼續上訴至終審法院。
而身為民主爭議焦點的陳日君就對中梵關係表示樂觀，並相信日後會有機會返回大陸。他曾在中梵關係上發表評論說，宗教自由是雙方建交需要解決的一大問題，他個人則希望建交能令中國政府放寬對大陸天主教會的控制。作為梵蒂岡在中國領土唯一正式的代表，他說，教廷打算在建交後給予中國天主教愛國會和地下教會同等的待遇：「一旦中梵建交，所有在中國的天主教徒都（將）成為我們的兄弟姐妹。」
