而在退休之后，热爱教学并曾在中国大陆教学七年的陈日君表示，希望每年有一半时间前往大陆教书。据《苹果日报》报道，陈主教称"教书最实惠，在香港教书不易专心，好多会要开，又要应酬，又要听电话，在大陆可以专心。"
陈日君主教2007年1月便满75岁，按罗马天主教廷的规定，他需向教廷提出辞呈，由教廷决定是否延续他的任期。如若任期不再延续，他将在一年后正式退休离任。而在继任者方面，即将退任的主教一般会提交三人以上的候选主教名单供教廷考虑，教廷则将咨询驻当地教廷代表、当地具代表性的教会团体及其他教会人士以决定人选，最终确定的人选也不拘于得到主教提名的人士。
据报导，天主教香港教区社会传播主任容若愚9月19日证实陈日君主教将在明年1月向教廷提出退休，此前，陈主教也多次表达过退休的意愿。容若愚说，香港教区是否挽留陈日君要由梵蒂冈决定，但他相信很多教友都接受陈作为主教，因为他对弱势社群十分关顾。
听到陈日君将申请退休的消息，同为天主教徒的香港立法会议员余若薇赞扬主教在任内身体力行，体现天主教宣扬的公平、正义和仁爱，另一名教徒李柱铭则表示，估计教廷会挽留陈日君。
陈日君1932年1月生于上海，1961年任神父，先后获得神学硕士及博士学位。1978年至1983年，他担任慈幼会会长，1989年至1996年间前往大陆神学院任教。1996年10月，他被任命为天主教香港教区辅理主教，并在2002年胡振中枢机主教去世后接任香港教区主教至今。
陈日君曾在居港权、基本法二十三条、校本条例、七一民主游行等议题上对香港特区政府以至中央政府提出批评。他从1998年起不再踏足中国大陆，直至去年4月底才首次以主教身份前往上海作三天私人访问，今年3月则与香港其他五大宗教领袖一起访问广州。《大公报》报导说，陈日君对传媒表示最希望在任内解决校本条例的争拗，而教会计划就此在本月28日前提出司法覆核，指条例违反《基本法》。他更指出就算教会败诉，也会继续上诉至终审法院。
而身为民主争议焦点的陈日君就对中梵关系表示乐观，并相信日后会有机会返回大陆。他曾在中梵关系上发表评论说，宗教自由是双方建交需要解决的一大问题，他个人则希望建交能令中国政府放宽对大陆天主教会的控制。作为梵蒂冈在中国领土唯一正式的代表，他说，教廷打算在建交后给予中国天主教爱国会和地下教会同等的待遇："一旦中梵建交，所有在中国的天主教徒都（将）成为我们的兄弟姐妹。"
