入禀状提出，条例规定教会最多只能委任校董会的6成代表，这难免造成教会失去办学最终话语权，从而无法继续贯彻教会办学宗旨。
教区指出条例不仅违宪，而且阻碍贯彻教会办学宗旨
天主教香港教区自上个世纪20年代起就开始在港开办学校，目前其已辖有本港63所小学及27所中学，是最大的办学团体。故《校本条例》对其影响最大，其对条例的反对也最为强烈。
此次在入禀状中，教区认为，《校本条例》违反《基本法》中第136、137与141条的规定。在这3条中，《基本法》明确规定特区可参照一直以来的教育制度，而在制定新政策时也要以原有的的教育制度为基础；同时，宗教团体在97年之后仍然可按以前办法继续开办宗教院校及其他学校，而学校本身均可保留自主性且享有学术自由，宗教团体所办的学校仍可继续提供宗教教育或者课程。
但是《校本条例》却要求在校董会中加入家长及校友等成员，令教会本来拥有的参与各级校政的权力大幅减少，违反了基本法赋予宗教团体办学的权利。陈日君主教则表示，《校本条例》彻底改变了教会的办学模式，不再算是教会办学，故违反基本法。
同时，入禀状亦表示，教局强逼学校在2010年之前必须成立法团校董会，教会最多也只可委任6成代表，如此规定使教区担心教会失去最终话语权，而将来的校董会也未必能如以往般贯彻天主教办学宗旨。
陈日君主教：如败诉将关闭部分学校
陈日君8日首次公开发言表示对此次法律诉讼的态度。他表示有信心胜诉，从而推翻《校本条例》，同时说﹕"我不知道官司要打多久，也不知道要多少钱，只希望可以尽快解决。"他期望诉讼能在自己担任主教的任期完结前有最终结果。
同时，陈日君主教亦表明若不幸败诉，学校被迫成立法团校董会从而导致不能继续坚持天主教区办学理念，那么唯有关闭教区辖下部分学校。
《校本条例》自2001年提出开始就备受争议
教统局早在2001年即提出《校本条例》草案，其中规定全港学校必须在2010年前成立法团校董会，加入家长、教师及校友等代表，并称此举旨在推动校政民主化。但草案一推出就备受争议，有办学团体指教统局意在"夺权"，而非民主化。
《校本条例》于去年7月在众多争议声中获的立法会通过。今年7月，立法会再通过拨款3.5亿元，资助学校成立法团校董会。这再次引发教会等办学团体更为强烈的反对。陈日君主教就曾对此表示不满，它认为这是教统局"利诱"学校成立法团校董会的行为。当时天主教教区就表示他们将会申请司法覆核，希望尽快透过法律诉讼"叫停"政策。
各教会团体均声言坚拒成立法团校董会
天主教香港教区除以司法覆核抵抗《校本条例》外，亦表明将不会履行该条例成立法团校董会的规定。但教区会自订方法推行校本管理以促进校政民主化，具体方法是在各校设立两层架构的管理办法。
香港天主教教区学校联会（小学组）主席张志鸿表示，天主教区辖下的绝大部分中小学都已按教区指导在现有的校董会之下成立了"校政执行委员会"，该委员会有教师和家长代表参与，其透明度及问责制方面都不会亚于法团校董会的效果。他认为不是只有法团校董会才能管好学校。他说﹕"全世界没有一个地方，只容许一个方法做到民主﹔不一定法团校董会才做到校政民主化。"
同时，圣公会、循道卫理联合教会等其他大型办学团体亦曾表示会抵抗条例，坚决拒绝成立法团校董会。另外，中华基督教会香港区会的副总干事袁海柏也曾在7月份表示，除中华基督教会燕京书院须按取得新校舍规定成立法团校董会之外，该会其他所有的学校都会坚决不注册为法团校董会。
