入禀狀提出，條例規定教會最多只能委任校董會的6成代表，這難免造成教會失去辦學最終話語權，從而無法繼續貫徹教會辦學宗旨。
教區指出條例不僅違憲，而且阻礙貫徹教會辦學宗旨
天主教香港教區自上個世紀20年代起就開始在港開辦學校，目前其已轄有本港63所小學及27所中學，是最大的辦學團體。故《校本條例》對其影響最大，其對條例的反對也最爲强烈。
此次在入禀狀中，教區認爲，《校本條例》違反《基本法》中第136、137與141條的規定。在這3條中，《基本法》明確規定特區可參照一直以來的教育制度，而在制定新政策時也要以原有的的教育制度爲基礎；同時，宗教團體在97年之後仍然可按以前辦法繼續開辦宗教院校及其他學校，而學校本身均可保留自主性且享有學術自由，宗教團體所辦的學校仍可繼續提供宗教教育或者課程。
但是《校本條例》卻要求在校董會中加入家長及校友等成員，令教會本來擁有的參與各級校政的權力大幅减少，違反了基本法賦予宗教團體辦學的權利。陳日君主教則表示，《校本條例》徹底改變了教會的辦學模式，不再算是教會辦學，故違反基本法。
同時，入禀狀亦表示，教局強逼學校在2010年之前必須成立法團校董會，教會最多也只可委任6成代表，如此規定使教區擔心教會失去最終話語權，而將來的校董會也未必能如以往般貫徹天主教辦學宗旨。
陳日君主教：如敗訴將關閉部分學校
陳日君8日首次公開發言表示對此次法律訴訟的態度。他表示有信心勝訴，從而推翻《校本條例》，同時說﹕「我不知道官司要打多久，也不知道要多少錢，只希望可以盡快解决。」他期望訴訟能在自己擔任主教的任期完結前有最終結果。
同時，陳日君主教亦表明若不幸敗訴，學校被迫成立法團校董會從而導致不能繼續堅持天主教區辦學理念，那麽唯有關閉教區轄下部分學校。
《校本條例》自2001年提出開始就備受爭議
教統局早在2001年即提出《校本條例》草案，其中規定全港學校必須在2010年前成立法團校董會，加入家長、教師及校友等代表，並稱此舉旨在推動校政民主化。但草案一推出就備受爭議，有辦學團體指教統局意在「奪權」，而非民主化。
《校本條例》於去年7月在衆多爭議聲中獲的立法會通過。今年7月，立法會再通過撥款3.5億元，資助學校成立法團校董會。這再次引發教會等辦學團體更爲强烈的反對。陳日君主教就曾對此表示不滿，它認為這是教統局「利誘」學校成立法團校董會的行爲。當時天主教教區就表示他們將會申請司法覆核，希望盡快透過法律訴訟「叫停」政策。
各教會團體均聲言堅拒成立法團校董會
天主教香港教區除以司法覆核抵抗《校本條例》外，亦表明將不會履行該條例成立法團校董會的規定。但教區會自訂方法推行校本管理以促進校政民主化，具體方法是在各校設立兩層架構的管理辦法。
香港天主教教區學校聯會（小學組）主席張志鴻表示，天主教區轄下的絕大部分中小學都已按教區指導在現有的校董會之下成立了「校政執行委員會」，該委員會有教師和家長代表參與，其透明度及問責制方面都不會亞於法團校董會的效果。他認為不是只有法團校董會才能管好學校。他說﹕「全世界沒有一個地方，只容許一個方法做到民主﹔不一定法團校董會才做到校政民主化。」
同時，聖公會、循道衛理聯合教會等其他大型辦學團體亦曾表示會抵抗條例，堅决拒絕成立法團校董會。另外，中華基督教會香港區會的副總幹事袁海柏也曾在7月份表示，除中華基督教會燕京書院須按取得新校舍規定成立法團校董會之外，該會其他所有的學校都會堅決不註冊為法團校董會。
