作为千年来首位非欧洲籍教宗，方济各出身拉丁美洲，同时也是首位来自南半球、首位耶稣会出身的教宗。这位服侍天主教教廷12年的宗教领袖，其政策立场引发诸多争议。
同性恋立场引发神学争议
首先最令福音派嘱目的应算是教宗方济各为同性恋者祝福的立场。他任内多次公开表示，同性恋者与跨性别者不应被社会排斥，强调若有同性恋者怀著善意寻求主，教会无权论断他们。在2016年梵谛冈发布的《爱的喜乐》（Joy of Love）文件中，更一度提及同性恋者有其"独特的恩赐与贡献"，甚至称同性伴侣间的相互扶持是"值得尊敬的牺牲"，不过这些表述最终未被纳入正式版本。
梁永善牧师表示，教会可以"接纳"同性恋者，但不等同于"认可"同性恋行为。他认为《罗马书》1:26-28经文表明圣经明确反对同性恋行为。"婚姻乃神圣之约，是一男一女在神面前所缔结的终身盟约，这是基督信仰核心教义。"梁永善牧师直言："同性恋行为明显不符合圣经所启示的神圣心意，教宗公开为此类关系祝福，实有违信仰原则。"再三表明无法接受此立场。
未为受压迫者发声
梁永善牧师进一步指出，教宗在一些国际事务上未有坚守公义立场，比如在俄乌战争问题上，方济各从未公开谴责俄罗斯入侵乌克兰的不义行为，反于去年3月接受瑞士媒体采访时建议乌克兰举白旗与俄罗斯谈判。他认为结束战争需要相方面谈判，质疑此做法是否站在公义一方。
此外，他认为真正的宗教领袖应当站在受压迫者一边，历史有不少先例：1989年波兰团结工会运动期间，若望保禄二世坚定支持民众反抗苏联；南非种族隔离时期，屠图大主教公开为人权发声；1986年菲律宾人民力量革命中，马尼拉大主教辛海绵积极参与推翻马可斯独裁政权。他认为反之，教宗方济各在一些明显不公义的事上选择沉默，与历代宗教领袖捍卫正义的做法形成鲜明对比。
中梵建交政策：信与不信同负一轭?
梁永善牧师认为教宗任内最具争议的政策莫过于推动中梵建交。中国政府一贯主张自行任命主教，不接受梵蒂冈的指派。2018年梵蒂冈与中国签署《中梵双方关于主教任命的临时性协议》，承认中国当局自行任命主教的权力，他认为教宗的原意是好的，但这做法削弱了教会内部的互信。
他又认为教宗在此问题上有所妥协，为换取与中国建交的机会而牺牲宗教原则。2020年香港枢机主教陈日君专程赴罗马，欲表达对中国宗教问题的关切而未获教宗接见，梁永善牧师认为这也是一种让步。他引用哥林多后书6章14至18节基督徒与非基督徒原不相配，不能同负一轭」的原则，认为梵蒂冈与不信的无神论政权的合作并不相宜。
世人的纪念转瞬即逝，唯有神的真理永恒不变
教宗离世，全球悼念。梁永善牧师引用诗篇103篇14至16节的经文："因为他知道我们的本体，思念我们不过是尘土。至于世人，他的年日如草一样。他兴旺如野地的花，经风一吹，就归无有，它的原处也不再认识它"，提醒信徒世人的纪念转瞬即逝，唯有神的真理永恒不变，他呼吁信徒在此时刻更应回归圣经真理，方能获得真正的属灵启迪。
