此是首次中台基督教舉辦同類論壇，但如此「盛會」卻缺台灣最大教團長老教會及代表大陸大數基督徒的家庭教會成員，代表性受限。
台灣最大教團台灣基督教長老會一向堅持不與大陸三自教會來往，但此次「論壇」在缺其席位之情況下以「台灣教會」之名舉行無疑激怒了他們。
「論壇」閉幕翌日，長老教會及大陸家庭教會在30日共同召開新聞發佈會，指中國三自教會藉「兩岸交流」為名在台灣實行「統戰」為實，呼籲中國政府承認中國家庭教會存在的事實，尊重基督教信仰的正統性，還家庭教會與信徒自由與合法地位，又呼籲出席「論壇」的台灣教牧在與中國三自教會往來方面適可而止。
三自代表論壇發言不提家庭教會
今次大陸方面，由全國兩會主席傅先偉率領精挑的87人團隊參加，當中包括大陸各省神學院及三自教會人士。與台灣方面則有周聯華、周神助、鄺健雄、魏悌香、顧其芸、張茂松、蕭祥修等160多名教牧人士。
大陸代表在會上報告了大陸教會、神學教育、社會服務、基督教媒體事工等成果，均環繞三自管轄的範圍，未提家庭教會及三自兩會以外的基督教事工。傅先偉長老接受《今日基督教報》的訪問時亦明言目前大陸基督徒約2300多萬，明顯未將倍數於此的家庭教會信徒計算在內。
「論壇」討論重點在城市教會的牧養、職場見證與社區服務等，傅先偉指他表示此行的目的是了解台灣教會傳福音及牧養的途徑，又讓台灣教會了解大陸教會的現狀，促增進彼此互信及未來的交流，又表示「希望福音可以在大陸更快傳播」。
各界媒體對「論壇」評價迴異
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對於今次兩岸論壇，作為主辦方角色的蒲公英希望基金會屬下的媒體《今日基督教報》無視台灣教界的反對聲音，完全正面報導了此次論壇，更予以高度評價為「由大陸基督教兩會和台灣教會首次共同舉辦的活動，更是兩岸基督教交流、合一的重要歷史里程碑」。
而三自兩會官網「中國基督教網」亦將論壇寫成「兩岸基督教交流歷史上具有開創意義的一件盛事」。
但作為台灣長老會之口、歷史更悠久的《台灣教會公報》卻不以為然，早在「論壇」前夕已連番發表串報導及評論文章。
《公報》報導，該論壇由蒲公英基金會董事長魏悌香牧師，與其他教派牧長及中國基督教兩會共同舉辦，而收到邀請函的長老教會的部份牧者因請示了長老會總會。結果，總會總幹事林芳仲牧師表達了清楚的立場，表示長老教會於1991年首度接觸兩會至今認為「兩會」是「以宗教名義統戰台灣的政治活動」，因此曉諭「長老教會牧長不宜接觸，若要接觸，應該要以普世教協的國際場合，或是有第三國教會在場時接觸兩會。」
長老會更同時通過發出兩封牧函，分別是《台灣基督長老教會對兩岸基督教會論壇之牧函》、《台灣基督長老教會對「台灣民政府」之主張》，牧函指出「不能漠視家庭教會存在的事實」、「記念不畏懼中共政權，堅持信仰良心而受迫害的許多中國基督徒」，結果在今次論壇上出現長老會教會領袖缺席的情況。
代表性、認受性受質疑
在論壇27日議程結束之後，對華援助協會（ChinaAid）也發文抨擊，認為「兩岸基督徒的交流要建立在純正信仰的根基上」，但此次論壇只有與三自埋堆的教會參與，認為「論壇」不具代表性。。
現於美國的基督教評論人曼德亦表示運作論壇的教牧人員主要屬蒲公英希望基金會組織，但只算教界小部份，而在台灣歷史悠久的長老會教會則未有代表參與，認為台灣大多數教會被排斥在外，亦認為論壇欠認受性。
2010年8月 中國官方發佈的《宗教藍皮書》指中國的基督徒人口估計有2305萬，但不少來源估計家庭教會的人數遠遠超出這數字，認為是三自教會的兩倍甚或三倍。
