據綜合報道，馬時亨表示，在3個月前一次偶然的檢查時，發現左腦入面腦部血管畸形情況，由於病源深入腦部，不宜做手術或治療。醫生表示，他沒有即時的生命危險，但有機會中腦中血及中風，需要減磅15至20磅。他與太太王培琪女士及家人經過詳細討論後，決定向特首辭職。
馬時亨是基督徒。據悉，他信主的經歷是由於受到太太王培琪女士的影響。他與太太在大學時期相知相識，到1978年在加拿大多倫多重逢，1979年註冊結婚，育有兩名女兒。太太後來創辦了「全城更新」，馬時亨亦受太太影響，在2003年領洗成為教徒。兩人經常一起出席基督教活動，包括今年六月十一日的「愛國禱告日」、五月十二日的「全城禱告日」，以及年初的「祝福天水圍」音樂會等。
面對腦部的頑疾，馬時亨依然樂觀面對，處之泰然。正如從前上任之初遇到仙股事件後公開向市民道歉一樣，他今日在記者會上表示「做人遇挫折不要放棄，彩虹在大雨後出現，積極面對會活得更好」。
馬時亨又多謝市民的支持，並對有機會服務香港，感到很光榮。至於日後安排，他強調離職是經過深思熟慮，不排除待身體好轉後，會做教會服務。
馬時亨的侄兒馬正遠也是一位美籍華人牧師，最近帶領受到藝人慾照事件影響的陳冠希歸信基督。
