事实上除了政治外，最令人特别是宗教团体所关注的是人类胚胎干细胞研究所引发的道德问题。身为基督徒的布殊认为利用人类胚胎从事科学研究不合乎道德。
同样自称为基督徒的奥巴马明抱著不同的考虑。据BBC报导，他在竞选时表示解除有关干细胞研究资金的禁令的原因，是认为它对科学界造成阻碍，使美国落后于其他国家。
媒体报导奥巴马说："今天我所要签署的行政命令，将对许多科学家、研究者、医生、改革者、病患还有家属带来改变，他们过去8年来长久期盼与奋斗。"
奥巴马在多项涉及道德争议的议题上令不少宗教群体担心不已，不论是同性恋、堕胎还是干细胞研究上都抱明显开放的态度。尽管他在竞选时努力争取美国福音派人士的支持，但仍掩盖不了对道德持保守立场人士的忧虑。
一般人认为人类干细胞研究将有助于帕金森氏症等慢性疾病，以及瘫痪者的医疗研究。但由于在取出人类干细胞的过程中需要毁掉胚胎，相信每个人包括胚胎在内都是上帝所创造的基督教界认为此行为等同于谋杀，从而引起道德的争议。
此外也有人担心此研究将为复制人大开中门，但奥巴马强调政府资助的干细胞研究将在适当的规范和监管下进行，他亦强调政府不会资助复制人的研究。
