事實上除了政治外，最令人特別是宗教團體所關注的是人類胚胎幹細胞研究所引發的道德問題。身為基督徒的布殊認為利用人類胚胎從事科學研究不合乎道德。
同樣自稱為基督徒的奧巴馬明抱著不同的考慮。據BBC報導，他在競選時表示解除有關幹細胞研究資金的禁令的原因，是認為它對科學界造成阻礙，使美國落後於其他國家。
媒體報導奧巴馬說：「今天我所要簽署的行政命令，將對許多科學家、研究者、醫生、改革者、病患還有家屬帶來改變，他們過去8年來長久期盼與奮鬥。」
奧巴馬在多項涉及道德爭議的議題上令不少宗教群體擔心不已，不論是同性戀、墮胎還是幹細胞研究上都抱明顯開放的態度。儘管他在競選時努力爭取美國福音派人士的支持，但仍掩蓋不了對道德持保守立場人士的憂慮。
一般人認為人類幹細胞研究將有助於帕金森氏症等慢性疾病，以及癱瘓者的醫療研究。但由於在取出人類幹細胞的過程中需要毁掉胚胎，相信每個人包括胚胎在內都是上帝所創造的基督教界認為此行為等同於謀殺，從而引起道德的爭議。
此外也有人擔心此研究將為複製人大開中門，但奧巴馬強調政府資助的幹細胞研究將在適當的規範和監管下進行，他亦強調政府不會資助複製人的研究。
