在2012年10月，佐科与钟万学搭档竞选雅加达首都特区正副首长胜出之后，作为华裔基督徒钟万学正式出任印度尼西亚首都雅加达的副省长。当时在这个穆斯林人口最多的国家，他的当选令人震惊。该事件被视为是印尼华人参政的一大突破。
在他7年任期的搭档雅加达特区首长佐科当选印尼总统后，受委任出任代首长。这次出任代首长，被外界评论为印尼政治发展新里程碑的标志1。
外界称他能以华裔基督徒的身份，在95%人口是回教徒的印尼登上这个政治高位，除了显示印尼人民开始淡化种族身份，更关键的是其廉正的施政作风。印尼网上曾流传一个他因不满官员的低效率而大发雷霆的短片。但这不但没有令他形像受损，反而更受欢迎，因为民众认为这有助改善印尼的贪污问题及官僚作风。
对于钟万学即将出任雅加达首长一职，也有反对声。昨日约300名回教强硬派分子昨天在雅加达议会大厦外示威，他们高唱宗教歌曲并吟诵可兰经经文，谩骂钟万学是一名"异教徒""魔鬼"和"疯子"。
即将上任的雅加达市议会议长帕拉斯迪约说，省议员不会受这些回教强硬派分子的抗议威胁。"如果回教捍卫阵线要求省议会议员不让钟万学就职，我们不能照他们的话去做。我们是遵照国家宪法。钟万学成为首长是按法律规定。我们不能突然改变法律。"
