香港教区荣休主教陈日君枢机多次公开评论教宗方济各及教廷对中国"过于天真"，并指梵蒂冈未能真正理解中国的宗教政策。2020年，陈日君曾专程前往罗马，希望当面向教宗表达对中国教会状况及香港教区的忧虑，但最终未获接见。
中梵临时协议争议声中签署
过去中国政府自行任命主教，未完全遵循教会法规，这些主教若未获梵廷认可则不被视为合法。 2018年，中梵双方首次就主教任命问题达成共识，签署《中梵双方关于主教任命的临时性协议》（简称《中梵协议》）。协议中，梵蒂冈承认中国政府自行部分任命主教，并重新接纳他们进入教会体系。
然而此举引发争议，批评者认为梵蒂冈变相妥协，甚至"出卖"中国地下教会及忠于教廷的神职人员。面对质疑，梵蒂冈指此举是为了支援在中国的福音宣讲、"避免教会分裂"，最终是为服务中国的天主教徒，强调协议并非政治妥协，并确保主教在信仰上与教宗共融。
《中梵协议》自2018年签署后，原定每两年续签一次，但2024年10月22日，梵蒂冈宣布将协议效期直接延长四年，称此举有助深化双方关系，并使中国天主教会及全体中国人民受益。 祝福同性婚姻惹非议 此外，方济各被质疑在同性婚姻议题上立场摇摆不定。 2021年3月15日梵蒂冈教廷教义部发出声明，指出"神不会也不可祝福同性关系"，强调即使同性关系有正面元素，也不符合造物主的计划，因此不能成为合法的祝福对象。文件并且指出，男人与女人结合的婚姻是圣礼，因此祝福无法扩展至同性伴侣，这些祝福是不正当的。 然而，2023年12月18日教宗在名为《恳求的信赖》（Fiducia supplicans）声明中公布，批准神父为同性伴侣祝福。纵使禁止在同性伴侣民事结合仪式期间进行祝福，仍被福音派宗教领袖非议。 美国著名布道家葛福临牧师（Franklin Graham）严厉谴责教宗方济各允许神父祝福同性伴侣的决定。他在脸书发文强调："任何人都无权祝福上帝视为罪恶的行为"，并引述以赛亚书5章20节警告"称恶为善、称善为恶"的危险。
葛福临直言，教宗的"祝福"不能使人免于上帝的审判，唯有按照圣经真理悔改，才能获得神的赦免。他坚称，宗教领袖不应扭曲真理，将同性关系合法化，此举等同"以暗为光、以苦为甜"，严重违背基督教核心教义。
罗马天主教会第266任教宗方济各（Pope Francis）于4月21日复活节星期一清晨7:35安息主怀，享寿88岁。梵蒂冈发布有关死讯并指教宗因脑中风陷入昏迷，引发心脏骤停而逝世。
